自闭症的病因理论基础
关于自闭症的患者的病因，从开始就一直存在争议；从生物医学方面国内有做过阐述，在最些时期曾有研究者持有怀疑的态度认为不正常的教育与养育方式是造成儿童自闭症的主要原因；之后随着研究的不断发展，怀疑其根源可能在于孩子自己本身而不是不和谐的父母-子女互动关系；也有研究者另持态度，认为自闭症是遗传病由多基因造成。
1. 认知神经理论
认知神经理论试图为自闭症提供一个心理学的解释模型，一种假设是，自闭症儿童在心理活动的执行技能方面存在缺陷，不能根据期望的目标制定计划，不能保持问题解决所需要的灵活的定式转移能力；这个理论可以解释自闭症儿童言语保持和定式转换的困难；而且其家庭成员可能也有类似的一些特征；不过，这种心理活动缺陷并非自闭症所特有，与社会交往障碍的严重程度并不总是存在高相关；第二种解释主要是模型聚焦于儿童综合信息以形成整体意义的能力缺失，这方面的障碍主要导致有意注意和人际交流的缺陷，但目前来看支持这种思路解释的实例研究还很少。
2. 关于大脑机制的研究
在大脑机制的有关研究中，自闭症群体的高发率与智力有关，研究表明：对实验对象是猴子做前扣代回、海马的受损，都会有一些类似于自闭症儿童的行为特征；大脑解剖研究报告了一系列的大脑变异，包括神经细胞数量减少，边缘系统特别是前扣代回、海马的树突递减，这些发现可能与人际沟通障碍相关。
自闭症患者的小脑部位也发现异与常人，有研究发现自闭症患者的普金耶氏细胞和颗粒细胞减少，但在严格控制干扰变量的条件下，小脑第六、七小叶异常的早期观察还没有得到足够的重复印证，有几项研究发现，自闭症患者的大脑总体面积比智力正常的控制组儿童大脑体积大 2—10％。目前还不能清楚这是大脑整体；还是特殊区域体积的增多。
另一个研究方向是有关社会认知缺陷，比如，高功能的自闭症儿童(他们通常能够通过智能任务)在把社会性意义赋予意思含混的视觉刺激时存在困难。使用眼动追踪技术实验显示，自闭症儿童在观察强大的社会情况下显示高度异常视觉搜索模式。例如：与正常智力的对照组相比，高功能的自闭症儿童在执行面部知觉的任务时，梭形脑回功能不能激活；对自闭症儿童面部感知觉的大量研究支持这一观点；社会性过程缺陷不再是仅指难以处理的表情以及来自表情所表达的信息的结果。
3. 环境因素
环境因素是自闭症产生原因中不能排除的一个，但目前支持环境因素的证据很狭小；环境因素主要是个体生存的一个环境，包括生活的周围的一些大的环境，也包括小的家庭或个人环境；母体因素、早期环境因素、婴幼儿期的成长环境、家庭教养方式等都是包括在环境因素中。
