自闭症药物治疗
药物，补充剂，或饮食经常被用来改变生理机能以试图缓解常见自闭症症状，如癫痫，睡眠障碍，易怒，多动，可干扰自闭症患者的教育或社会适应，或者引起的自闭症患者伤害自己或他人(很少发生)。有大量的传闻证据，支持医学治疗；很多家长谁尝试一个或多个治疗，称取得了一些进展，并且几个广为宣传的报导，有孩子能够在治疗后重返主流教育，在健康和福祉有显著的改善。但是这方面的证据，被长大未经治疗的自闭症孩子的改善，而被混淆。对改善报告通过验证的困难，并且由报告缺乏治疗的负面结果。只有极少数的药物治疗，通过控制实验科学证据，很好地被支持。
1. 处方药物
许多药物被用于治疗自闭症患者有关的问题。超过一半的美国儿童诊断为泛自闭症障碍是处方精神药物或抗惊厥药，最常见的药物类别是抗抑郁剂，兴奋剂，和抗精神病药。只有抗精神病药物已经清楚地表明功效。
研究都集中在非典型抗精神病药物，特别是利培酮（Risperidone），有大量的证据不断表明，改善自闭症相关的烦躁，自伤，侵略，发脾气。美国食品药品监督管理局(FDA)批准利培酮，做为儿童和青少年自闭症治疗烦躁易怒的用药。
与安慰剂相比，利培酮治疗减少了自闭症儿童的某些问题行为，包括对攻击别人，自伤，发脾气，和快速的情绪改变。有证据显示其效力是大于替代药物治疗。增加体重是一个重要的不利影响。一些作者建议对最具挑战性的行为障碍，限制使用阿立哌唑，以尽量减少药物引起的不良影响，如可致命的抗精神病药恶性综合征（NMS）。青少年和年轻成人自闭症，利培酮的疗效没那么有说服力。
在短期试验（长达六个月）最为不良反应为轻度至中度，体重增加，嗜睡，以及需要监测高血糖；长期功效和安全性尚未完全确定。目前还不清楚利培酮是否改善自闭症的社交和沟通能力。美国食品和药物管理局的决定是部分基于对自闭症儿童的研究，严重和持久的问题，发脾气，侵略，自伤；利培酮不推荐用于自闭症儿童没有持久的模式，轻度的侵略和爆炸性行为。
在美国其他药物处方为非适应症，这意味着他们没有被批准用于治疗自闭症。奥氮平（olanzapine）和阿立哌唑的大型安慰剂对照研究在2008年初进行。阿立哌唑可有效用于治疗自闭症但也有副作用，如体重增加和镇静相关联。有些选择性五羟色胺再摄取抑制剂（SSRIs）和多巴胺受体阻滞剂(dopamine blockers)可以减少与自闭症相关的一些适应不良行为。虽然五羟色胺再摄取抑制剂类药物减轻自闭症成人的重复行为，2009年多个中心随机对照研究发现，没有任何好处。并从五羟色胺再摄取抑制剂类药物西酞普兰（citalopram）对孩子一些不良影响，提高怀疑是否五羟色胺再摄取抑制剂类药物，是有效的对自闭症儿童，治疗重复行为。相关的医疗评论进一步的研究确定，五羟色胺再摄取抑制剂类药物类抗抑郁药处方用于治疗自闭症儿童缺乏任何证据，不被推荐。一项研究发现，精神兴奋哌醋甲酯（methylphenidate）是有效对抗与自闭症相关的活动过度，虽然比典型的神经性儿童多动症的反应较少。研究治疗对儿童和青少年患有自闭症侵略性和自我伤害行为的许多药物，只有利培酮和哌醋甲酯（methylphenidate）展示已复制的成果。1998年的研究荷尔蒙促胰液素（secretin）报告症状改善和产生了极大的兴趣，但是一些对照研究，没有发现任何好处。催产素（Oxytocin）可能在自闭症中发挥作用，可能是一种有效的治疗重复性和联盟行为；两个成人的相关研究发现，催产素减少重复行为和改进情绪，但这些初步的结果不一定适用于儿童。一种实验性药物STX107在啮齿类动物中停止对代谢型谷氨酸受体5（metabotropic glutamate receptor 5）生产过剩，这假设可能对约5％自闭症病例有帮助，但这种假设还没有在人类中进行了测试。
除了抗精神病药物，有关治疗青少年和成人自闭症，有效性或药物治疗安全性缺乏可靠的研究。已进行的随机对照试验的少数研究结果表明，利培酮，选择性五羟色胺再摄取抑制剂类氟伏沙明，典型抗精神病药氟哌啶醇可以有效地减少一些行为，氟哌啶醇可以比三环类抗抑郁药氯米帕明（tricyclic antidepressant clomipramine）更有效，而且鸦片拮抗剂盐酸纳曲酮（naltrexone hydrochloride）是无效的。在小型研究中，美金刚胺、 忆必佳已被证明显著改善自闭症儿童的语言功能和社会行为。研究是对正在进行的美金刚胺成人自闭症谱系障碍的影响。一个自闭症者可非典型的反应药物，药物可以有不良副作用。
2. 膳食补充剂
许多家长给孩子的膳食补充剂，以试图治疗自闭症或减轻其症状。补充剂总类繁多；少数是由科学数据的支持，但大多数都有比较轻微的副作用。
3. 饮食
在大约四分之三的自闭症儿童发生非典型饮食行为，在某种程度上，这是以前的诊断指标。选择性是最常见的问题，虽然吃的仪式和拒食也发生；这似乎不会导致营养不良。虽然有些自闭症儿童也有胃肠（GI）症状，也缺乏严格的数据来支持这一理论，比通常儿童自闭症儿童有更多的或不同的胃肠道症状；研究报告结果相互矛盾，胃肠道问题与自闭症之间的关系还不清楚。在1990年代初，有人推测自闭症可引起或加重由阿片肽 像casomorphine，那些是谷蛋白和酪蛋白的代谢产物。基于这一假设，饮食杜绝含有麸质要么酪蛋白，或两者的食品，被广泛推广，褒奖，可以发现描述对自闭症相关症状的好处，尤其是社会参与和口头表达能力。有研究支持这些说法有显著的缺陷，所以这些数据不足以指导治疗建议。其它去除饮食也已提出，目标瞄准水杨酸盐，食用染料，酵母，和单糖。在治疗儿童自闭症没有科学证据建立了这种饮食的功效。一个去除饮食可能会造成营养不足，危害整体健康，除非小心以保证适当的营养。例如，2008年的研究发现，在无酪蛋白饮食，自闭症男孩骨头比平常显著的更薄，可能是因为这饮食引起钙和维生素D的不足。
4. 高压氧治疗
2009年Rossignol和他的同事，收集来自美国六个医疗中心，研究62位，年龄约2-7岁的儿童，评估高压治疗对于自闭症的疗效。在压力舱中给于1.3个大气压和24％的氧气，单次高压处理时间为1小时，每天治疗两次（间隔至少4小时），每周5天，连续4周，每个儿童总共40次的治疗方法。这是第一个随机，对照，双盲试验。相比于对照组，治疗组在整体运作，接受语言，社会交往，眼神接触，和感官/认知意识有显著改善。[27]
2010年的双盲研究比较，以高压氧治疗与用安慰剂治疗儿童自闭症，直接观察行为症状和标准化心理评估，被用来评估治疗。高压氧治疗组和安慰剂组，任何成果之间没有显著差异。第二个2011单科设计研究调查，同样没有相同的结果。对任何单个参与者没有显著的改善。尽管如此新闻报导和相关部落格表明，高压氧治疗用于自闭症儿童的许多案例。
5. 干细胞治疗
间质干细胞和脐血CD34+细胞已经被提出用于治疗自闭症，但仍未经过医学测试。两者可能为未来的医学治疗带来希望。因为免疫系统失调和自闭症有所牵关连，用间质干细胞治疗自闭症可能很有希望。免疫系统先天和适应性的变化已经被观察到。那些患有自闭症的病人显示出CD3 +，CD4+和CD8 + T细胞以及NK细胞的失衡。此外，外周血单核细胞（PBMCs）过量产生的IL-1β。MSC介导的免疫抑制活性能够恢复这种免疫失衡。
